• Teoria de la regressió: És possible que els virus haguessin estat petites cèl·lules que parasitaven cèl·lules més grans. Al llarg del temps, els gens que no necessitaven pel seu parasitisme desaparegueren. Els bacteris Rickettsia i Chlamydia són cèl·lules vivents que, com els virus, només poden reproduir-se dins de cèl·lules hostes. L'exemple d'aquests bacteris sembla recolzar aquesta teoria, car és probable que la seva dependència del parasitisme hagi causat la pèrdua dels gens que els permetien sobreviure fora d'una cèl·lula. També se l'anomena teoria de la degeneració.
• Teoria de l'origen cel·lular (també anomenada teoria de la vagabunderia): Alguns virus podrien haver evolucionat de fragments d'ADN o ARN que "s'escaparen" dels gens d'un organisme més gran. L'ADN fugitiu podria haver provingut de plasmidis (fragments d'ADN que poden moure's entre cèl·lules) o transposons. Aquests són molècules d'ADN que es repliquen i es mouen a diferents posicions a l'interior dels gens de la cèl·lula. Antigament anomenats "gens saltadors", són exemples d'elements mòbils genètics i podrien ser l'origen d'alguns virus. Els transposons foren descoberts al blat de moro el 1950 per Barbara McClintock.
• Teoria de la coevolució: Els virus podrien haver evolucionat de complexes molècules de proteïna i àcid nucleic al mateix temps que aparegueren les primeres cèl·lules a la Terra, i haurien estat dependents de la vida cel·lular durant molts milions d'anys. Els viroides són molècules d'ARN que no són classificades com a virus perquè manquen d'embolcall proteic. Tanmateix, tenen característiques comunes a diversos virus i sovint se'ls anomena agents subvírics. Els viroides són importants patògens de les plantes. No codifiquen proteïnes, però interactuen amb la cèl·lula hoste i utilitzen la seva maquinària per a replicar-se. El virus de l'hepatitis D dels humans té un genoma d'ARN similar al dels viroides però té un embolcall proteic derivat del virus de l'hepatitis B i no pot produir-ne un de propi. Per tant, és un virus defectuós que no pot replicar-se sense l'ajut del virus de l'hepatitis B Aquests virus que depenen d'altres espècies víriques reben el nom de satèl·lits, i podrien representar estadis evolutius intermitjos entre els viroides i els virus. Els prions són molècules proteiques infeccioses que no contenen ni ADN ni ARN. En les ovelles, causen una infecció anomenada tremolor ovina, i en el bestiar boví causen encefalopatia espongiforme bovina (la "malaltia de les vaques boges"). En els humans, causen kuru i la malaltia de Creutzfeldt-Jakob. Són capaços de replicar-se car algunes proteïnes poden existir en dues formes diferents i els prions canvien la forma normal d'una proteïna hoste en la forma del prió. Això engega una reacció en cadena en què cada proteïna priònica converteix moltes proteïnes de l'hoste en més prions, i aquests prions converteixen al seu torn encara més proteïnes en prions. Tot i que són fonamentalment diferents dels virus i els viroides, el seu descobriment dóna credibilitat a la teoria que els virus podrien haver evolucionat de molècules autoreplicants.L'anàlisi informàtica de seqüències d'ADN dels virus i dels hostes està produint una millor comprensió de les relacions evolutives entre diferents virus i podria ajudar a identificar els avantpassats dels virus moderns. Fins al present, aquestes anàlisis no han ajudat a decidir quina (o quines) de les teories és correcta. Tanmateix, sembla improbable que tots els virus actualment coneguts comparteixin un avantpassat comú i probablement els virus han aparegut múltiples vegades en el passat per mitjà d'un o més mecanismes.
Les opinions difereixen sobre si els virus són una forma de vida, o estructures orgàniques que interactuen amb els éssers vius. Se'ls ha descrit com a "organismes al límit de la vida", car s'assemblen als organismes en què posseeixen gens i evolucionen per selecció natural, i es reprodueixen creant múltiples còpies de si mateixos per autoassemblatge. Tanmateix, tot i que tenen gens, manquen d'estructura cel·lular, cosa que sovint és considerat la unitat bàsica de la vida. A més, els virus no tenen un metabolisme propi, i necessiten una cèl·lula hoste per a crear nous productes. Per tant, no es poden reproduir a l'exterior d'una cèl·lula hoste (tot i que bacteris com ara Rickettsia i Chlamydia són considerats organismes vius tot i tenir la mateixa limitació). Les formes de vida acceptades utilitzen la divisió cel·lular per a reproduir-se, mentre que els virus s'assemblen espontàniament dins les cèl·lules, cosa que és anàleg al creixement autònom dels cristalls. L'autoassemblatge dels virus dins de les cèl·lules té implicacions per l'estudi de l'origen de la vida, car reforça la hipòtesi que la vida podria haver començat en forma de molècules orgàniques autoassemblants.